パート１からわずか三ヶ月後に上映されたこの作品から、メインタイトルにローマ数字の『 II 』が入る。サブタイトルについて最終的には富野総監督の名づけたこの造語が適用されるが、ここにも紆余曲折あったことが当時のエッセイに綴られている。結果的に表記にバラつきが生じており、商品としての名前には「哀・戦士編」とナカグロが入っているが、ここではフィルム上の表記に従い半角スペース空きの「哀 戦士編」と表記することにする。
「哀 戦士編」では、ＴＶシリーズ第16話「セイラ出撃！」から第31話「ザンジバル、追撃」の冒頭にあたる映像までを素材として使用している。第30話は引き続き第３部「めぐりあい宇宙（そら）編」にも使われているため、エピソードの途中で「ホワイトベースが宇宙へ出るところまで」という区切りでまとめられている。
この大胆な措置が象徴するように、この第２部ではＴＶシリーズに忠実だった第１部と違って、かなり思いきった構成の変更を行っている。地上へ降りたったホワイトベースが、連邦軍とジオン軍の決戦となるオデッサ作戦を経て南米にある地球連邦軍本部ジャブローへたどりつくまでの「地上編」とでも呼ぶべきブロックの話数順序を入れ替え、いくつかのイベントを複合させて濃縮するという荒技を見せている。
その構成は、ドラマ的にはアムロの体験する青春時代特有の感情の揺れ、周囲の状況に翻弄される感覚を強く打ち出している。戦場のアムロはランバ・ラルを筆頭に次々と人との出逢いを体験する。それを通じて自らの人生の先に待つものを見いだしたり、自分の未熟さに苦悩する。そうしたさまざまな葛藤は、古典的には「疾風怒濤」や「青春彷徨」などと呼ばれている体験と同じものである。
さらにこの第２部では、ランバ・ラルとハモンをはじめ、リュウ・ホセイやマチルダ・アジャンなど、戦場の中で非業の死を遂げる主要人物が多い。さらにカイ・シデンとミハル・ラトキエの淡い悲恋や、マチルダの婚約者ウッディ大尉の死まで組みこまれているため、全体では「男女の愛または仲間のために死にいく戦士たち」が多数描かれている。
ところがこの映画が製作された1980年代初頭は「劇場用映画のキャッチコピー」として「愛」という単語が安易に使われることが非常に多かった。その傾向への皮肉もこめて、音が同じ「哀」という言葉を使ったというのが経緯である。いずれにせよこの映画では、そうした死と隣り合わせになった戦場という極限状態の中で各登場人物の心のゆらぎが点描されることで、独特の「群像劇」的な味わいが発生している。
メカファンに対する大きなみどころとしては、劇場版用にデザインされたコア・ブースターの登場が挙げられる。これはＴＶ版ではガンダムの商業的強化案として用意されたＧメカ（Ｇアーマー、Ｇファイター、Ｇブル、Ｇスカイ）をよりリアルに位置づけ直したもので、大きな話題を呼んだ。
クライマックスでは、第１部で姿を消したシャア・アズナブルがアムロの前に再び立ちはだかり、物語全体の到達点が二人のライバル関係の決着であることを予感させている。まさしく劇場版三部作の「カナメ」と呼ぶにふさわしい内容となっている。
では、ＴＶシリーズとの具体的な差異点について以下に順次述べていこう。
(1)新作によるマ・クベ鉱山とビッグ・トレー
アバンタイトル（題名の前に流れるシーン）は第１部と同じく一年戦争の発端の概説から始まり、ニュータイプの解説とガルマ・ザビの死が紹介される。
メインタイトルのバックは砂嵐に包まれたジオン軍のマ・クベ司令配下の鉱山とダブデ陸戦艇。第16話のランバ・ラル隊との関係解説を交えながら、ジオン軍側に内在する微妙な軋轢を紹介している。同時に地球連邦軍がすでにビッグ・トレーを移動本部として動き出していることが描かれ、今回の映画で「オデッサ作戦」が描かれることの予告となっている。ここではレビル将軍がニュータイプ部隊としてのホワイトベースに注目していることなども明示される（ＴＶ版ではマチルダの言葉のみ）。
演出の方針が微妙に違うことも、雰囲気重視の新作の多いイントロから伝わってくる。
(2)セイラ中心の作画修正
「哀 戦士編」で使われたＴＶ版の素材は、結果的に安彦良和アニメーション・ディレクターがもっとも手を入れているブロックに相当する。そのため新作カットの入れ方も細部の修正というよりは整合をとるためのものが多くなっている。その中でもセイラは、第16話の出撃シーンは全面的に描き直され、さらに第24話以後のＧファイターからコア・ブースターへの描き変えにともなって関連するカットがすべて新作になっているため、全体的にセイラの美しさがより強調されて伝わってくる。
(3)挿入歌「風にひとりで」独特の使い方
第16話、第17話と兄の情報欲しさに独断専行してガンダムを出撃させ、独房に入れられたセイラの物語が続く。映画的にはセイラのパイロットとしての適性や、ジオン兵コズンの脱出劇が後の伏線にもなっている。一方、自信をつけたアムロはブライトの命令違反を犯し、ガンダムから降ろされそうになるが、この一連はほぼＴＶ版のまま。
第18話で脱出したアムロがマ・クベ鉱山を発見し、アッザムと闘うエピソードは丸ごとカット。第19話とのつなぎにアムロがガンダムを熱砂に埋めるシーンが新作で入るが、ここで井荻麟：作詞／井上大輔：作曲の挿入歌「風にひとりで」が雰囲気を盛りあげる。第19話相当のアムロとランバ・ラルの出逢いと交戦は、ほぼＴＶ版のまま。
ここでアムロがセイラに代わって独房に入れられ、ＴＶ版第20話では嫌気のさしたカイやハヤトたちまでもが脱出、ホワイトベース内部は人心の面から崩壊の危機にさらされるが、その部分は割愛されている。
（「その２」につづく）
（文中：一部敬称略）
